Dit artikel opent de pijler TAAG-technologie van het Leercentrum. Ga verder met kunstmatige intelligentie in de microbiologie.
Het probleem dat Mila oplost
Een goede primer of probe ontwerpen voor PCR — de korte sequentie die bepaalt welk genetisch gebied wordt geamplificeerd en aangetoond — is een combinatorisch probleem: er zijn miljoenen mogelijke combinaties van kandidaatsequenties, en de beste kiezen vraagt om gelijktijdige afweging van specificiteit (geen niet-doelorganismen herkennen), gevoeligheid en verenigbaarheid met andere primers als de bepaling multiplex wordt. Dat handmatig doen is traag en sterk afhankelijk van de ervaring van de ontwerper.
Wat is Mila?
Mila is, zoals TAAG het beschrijft, het eerste platform ter wereld dat kunstmatige intelligentie inzet om automatisch de beste set primers en probes te ontwerpen en te selecteren uit miljoenen mogelijke combinaties. In plaats van dat een specialist handmatig een beperkt aantal kandidaten beoordeelt, doorloopt het systeem de combinatieruimte uitputtend en kiest het de combinaties met de beste voorspelde prestaties.
Waar wordt het toegepast binnen het assortiment van TAAG?
Mila is een overkoepelende technologie, geïntegreerd in de kitlijnen Ampliora en Elevia van TAAG. Het AI-ondersteunde ontwerp is dus geen apart product, maar het proces achter de ontwikkeling van juist die PCR-kits waarmee de levensmiddelenindustrie pathogenen en bederforganismen aantoont.
Gerapporteerde voordelen ten opzichte van handmatig ontwerp
Grotere nauwkeurigheid van de bepaling
Door systematisch meer combinaties te beoordelen streeft het platform naar maximale gevoeligheid en specificiteit van de gekozen primer/probe, meer dan een beperkte handmatige selectie zou opleveren.
Robuustere multiplexontwerpen
Een van de grootste uitdagingen bij multiplex-PCR is voorkomen dat de verschillende primersets elkaar storen. Een systeem dat combinaties op grote schaal beoordeelt, kan sets vinden die die storing consistenter beperken dan een handmatig proces.
Kortere ontwikkeltijden
TAAG meldt dat dankzij Mila het traject van het concept van een nieuwe kit tot beschikbaarheid slechts weken kan duren. (Cijfer gerapporteerd door TAAG; de exacte tijd hangt af van de complexiteit van de bepaling en moet per geval worden bevestigd.)
Conclusie
De betrouwbaarheid van een PCR-bepaling hangt af van een beslissing die lang vóór de monsterontvangst valt: welke exacte sequentie ga je zoeken. Die beslissing automatiseren met kunstmatige intelligentie is wat Mila toevoegt aan de ontwikkeling van de kits van TAAG.
Over TAAG
Ontdek hoe Mila deel uitmaakt van het ontwikkelproces van de Ampliora- en Elevia-kits van TAAG.
Veelgestelde vragen
Vervangt Mila de analist die de uiteindelijke kit valideert?
Nee; Mila ondersteunt de computationele ontwerpfase van primer en probe, maar de resulterende kit doorloopt nog altijd experimentele validatie vóór introductie.
Wordt Mila gebruikt voor één type kit?
Ze is geïntegreerd in meer dan één productlijn van TAAG (Ampliora en Elevia), dus de toepassing beperkt zich niet tot één type bepaling.
Wat is het verschil tussen Mila en AiGOR?
Mila ontwerpt de primers en probes die in de PCR-reactie worden gebruikt; AiGOR is de op RNA gebaseerde detectietechnologie in de Elevia-lijn. Het zijn verschillende, elkaar aanvullende lagen van dezelfde kit.