Onderdeel van de pijler TAAG-technologie. Wil je de basis even opfrissen, begin dan bij wat PCR in de microbiologie is.
Inhoudsopgave
Drie lijnen, drie verschillende vragen
Wanneer een laboratorium de kitcatalogus van TAAG doorloopt, komt het drie namen tegen: Ampliora, Elevia en Specio. Op het eerste gezicht zijn alle drie "PCR-kits" en meerdere delen doelmicro-organismen, zoals Salmonella of Listeria monocytogenes. Het werkelijke verschil zit niet in de naam van het pathogeen, maar in de detectiechemie die elke lijn gebruikt en dus in de analytische vraag die ze het best beantwoordt.
Dit artikel ordent die verschillen op basis van de technische informatie die TAAG in zijn catalogus en op taag.bio publiceert. Het wil de technische fiche van elke kit of haar validatie in jouw matrix niet vervangen: het idee is dat je begrijpt wat er achter elke lijn zit voordat je naar een specifieke kit kijkt.
Ampliora: multiplex realtime-PCR voor routinecontrole
Ampliora is de lijn realtime-PCR van TAAG. De primers en probes worden ontworpen met Mila, het kunstmatige-intelligentieplatform van het bedrijf, en de meeste kits zijn multiplex: ze detecteren twee of meer doelen in dezelfde reactie, met de logica uitgelegd in ons artikel over multiplex-PCR.
Wat het dekt
De catalogus van Ampliora is de breedste in toepassingen:
- Pathogenen: enkelvoudige kits zoals Ampliora 1.1 Salmonella spp. en combinaties zoals Ampliora 3.2 (Salmonella spp., L. monocytogenes en E. coli O157:H7) of Ampliora 3.9 (F39), die zoekt naar STEC, E. coli O157:H7 en Salmonella spp. in bladgroenten en rundergehakt en door AOAC is gecertificeerd via licentie-uitbreiding nr. 032501.
- Indicatoren in water: de familie WaterScan (3.11, 3.12 en 6.1 WaterScan Plus) combineert in één reactie indicatoren zoals E. coli, Citrobacter, Klebsiella, Enterococcus en Enterobacter.
- Bederf: panels voor bier (gisten zoals Brettanomyces of S. cerevisiae var. diastaticus, en bacteriën zoals Pectinatus of Pediococcus), voor fruitconcentraten (Alicyclobacillus en guajacol-producerende genen) en voor dranken met lage pH.
Wat het betekent voor de doorlooptijd
Ampliora werkt met de klassieke stroom van DNA-gebaseerde PCR: het monster doorloopt een fase van verrijking vóór extractie en amplificatie. De op taag.bio gepubliceerde fiche voor Ampliora 1.1 Salmonella spp. geeft een volledige doorlooptijd van ongeveer 26,5 uur aan. Het is het instrument bedoeld voor routinecontrole van pathogenen, indicatoren en bederf wanneer de beslissing tot de volgende dag kan wachten.
Elevia: RT-qPCR op RNA met de technologie AiGOR™
Elevia is de lijn gebouwd op AiGOR™, de RT-qPCR-technologie van TAAG die RNA als doel gebruikt in plaats van DNA. Zoals we uitlegden in RNA versus DNA, wordt RNA snel afgebroken wanneer de cel sterft en komen bepaalde RNA-sequenties bovendien in veel kopieën per cel voor. TAAG steunt de twee argumenten van de lijn op die twee eigenschappen: de detectie richten op actieve cellen en analytische gevoeligheid winnen.
Wat het dekt
- Elevia 1.1 Salmonella spp.: door AOAC gecertificeerd via uitbreiding van licentie nr. 072601, met een AOAC-toepassingsgebied van chocolade met 62 % cacao, cacaolikeur, magere melkpoeder, pinda's en roestvrijstalen oppervlakken; TAAG vermeldt ook gevalideerde matrices in gevulde chocolade, hazelnoot- en cacaocrème, heel spiervlees en gehakt, diervoederpellets en gepasteuriseerd vloeibaar ei.
- Elevia 2.8 Salmonella spp. en Listeria spp.: matrices van roestvrijstalen oppervlakken en bewerkte vleesproducten.
- Elevia 2.9 Salmonella spp. en Enterobacteriën: gevalideerd op roestvrijstalen oppervlakken; volgens taag.bio accepteert het protocol swabs en sponzen die vóór of na de sanering zijn genomen, het scenario dat we analyseren in Enterobacteriën en Salmonella op oppervlakken na sanering.
Wat het betekent voor de doorlooptijd
Volgens taag.bio maakt AiGOR detectie mogelijk zonder verrijking of met een korte verrijking, en publiceert TAAG resultaten vanaf 3 uur in omgevingsmonsters. De pagina over de technologie vermeldt bovendien AOAC-PTM-certificering voor geselecteerde kits en validatie volgens ISO 16140-4. Het praktische gevolg is dat Elevia op een andere beslissing mikt: de vrijgave van product of de verificatie van een reiniging in dezelfde dienst, niet de volgende dag. Zoals bij elke methode geldt die tijd alleen voor de matrices waarin de kit is gevalideerd.
Specio: realtime-PCR met smeltcurve en interpretatie met KAi
Specio gebruikt een andere chemie: realtime-PCR gevolgd door een analyse van de smeltcurve. Na afloop van de amplificatie verwarmt het apparaat het product geleidelijk en registreert hoe de fluorescentie daalt naarmate de DNA-dubbelstreng zich scheidt. Elk amplificatieproduct "smelt" bij een kenmerkende temperatuur die afhangt van zijn sequentie, lengte en gehalte aan guanine en cytosine. Het klassieke werk van Ririe, Rasmussen en Wittwer (1997) toonde dat de vorm en positie van die curve het mogelijk maken producten te onderscheiden waarvan de smelttemperaturen minder dan 2 °C uiteen liggen.
Die eigenschap opent de deur om met één en dezelfde test veel verschillende micro-organismen te identificeren. Wanneer de mogelijke soorten in de tientallen lopen, wordt die curven op het oog lezen onhaalbaar; daar komt KAi in beeld, het door AI ondersteunde analysesysteem dat TAAG beschrijft om het profiel van de verkregen curve te vergelijken met referentiepatronen, zoals we vertellen in kunstmatige intelligentie in de levensmiddelenmicrobiologie.
Wat het dekt
- Breedspectrumbederf: Specio 00.1 Bacteria dekt meer dan 80 bederfbacteriën en Specio 00.2 Yeast & Molds meer dan 50 gisten en schimmels, met matrices uiteenlopend van colafrisdranken en sinaasappelsap tot room, ketchup, mosterd en oppervlakken.
- Specifiek bederf: Specio 1.7 voor Zygosaccharomyces bailii en parabailii in dranken en pulp.
- Pathogenen: van enkelvoudige kits (Salmonella, S. aureus, E. coli, L. monocytogenes, Listeria spp.) tot Specio 4.1, die Salmonella spp., L. monocytogenes, E. coli en S. aureus combineert en door AOAC is gecertificeerd via licentie-uitbreiding nr. 072101, met gevalideerde matrices in roestvrij staal, gepasteuriseerde vloeibare melk met 2 % vet en sla.
De vraag die Specio het best beantwoordt, is niet alleen "is het er?", maar "wat is het?". In een bederfprogramma stuurt het weten welke gist of welke bacterie is opgedoken het grondoorzaakonderzoek veel sterker dan een totale telling.
De lagen die ze delen: Mila en TxA
De drie lijnen zijn geen eilanden. Mila grijpt in bij het ontwerp van de primers en probes van Ampliora en Elevia; het is de fase die plaatsvindt voordat de kit bestaat. Aan het andere uiteinde van de stroom interpreteert TxA automatisch de amplificatie- of smeltcurven die de kits van Ampliora, Elevia en Specio genereren, en volgens taag.bio bundelt het het beheer van monsters, resultaten en rapporten in één platform. Deze indeling begrijpen voorkomt een veelvoorkomende verwarring: Mila, AiGOR, KAi en TxA zijn geen producten die met elkaar concurreren, maar verschillende lagen van hetzelfde proces (ontwerp, chemie, interpretatie en gegevensbeheer).
Hoe je de keuze tussen lijnen leest
Meer dan "welke is beter" is het verstandig te vragen welke beslissing van het resultaat afhangt:
- Als je routinecontrole van pathogenen, wateringicatoren of een bekend bederfpanel nodig hebt en het resultaat de volgende dag mag komen, ligt de logica van Ampliora (realtime-PCR met verrijking) het dichtst bij de conventionele werkstromen.
- Als de beslissing is een partij vrij te geven of een lijn te hervatten in dezelfde dienst en je matrix overeenkomt met de gevalideerde, mikt Elevia op dat scenario door de verrijking te verkorten of te schrappen.
- Als je niet weet welk bederfmicro-organisme het probleem veroorzaakt, of het wilt identificeren uit tientallen mogelijke, is de smeltcurve van Specio daarvoor bedoeld.
In alle drie de gevallen geldt dezelfde regel: de reikwijdte van een kit wordt bepaald door haar validatie. Een AOAC-certificering of een validatie volgens ISO 16140 dekt concrete matrices, zoals we uitlegden in wat AOAC-PTM-certificering is. Staat jouw product niet tussen de gevalideerde matrices, dan is een verificatie in jouw laboratorium nodig voordat je het resultaat gebruikt om te beslissen. En een positief resultaat in elke lijn volgt een eigen weg tot het een bevestigd resultaat wordt, iets wat we uitwerken in presumptieve resultaten en bevestiging.
Conclusie
Ampliora, Elevia en Specio zijn geen drie versies van dezelfde kit: elke lijn gebruikt een andere chemie (realtime-PCR op DNA, RT-qPCR op RNA met AiGOR en PCR met smeltcurve) en beantwoordt een andere vraag het best, of het nu gaat om routinecontrole, beslissing in dezelfde dienst of identificatie uit veel mogelijke micro-organismen. De juiste keuze vertrekt van de beslissing die van het resultaat afhangt en van de matrices waarin elke kit is gevalideerd.
Over TAAG
Bekijk met TAAG welke lijn en welke kit passen bij jouw matrix, jouw doelmicro-organisme en de tijd waarin je de beslissing moet nemen.
Veelgestelde vragen
Wat is het belangrijkste technische verschil tussen Ampliora en Elevia?
Ampliora gebruikt realtime-PCR op DNA, normaal met een voorafgaande verrijkingsfase. Elevia gebruikt RT-qPCR op RNA met de technologie AiGOR, die volgens TAAG detectie zonder verrijking of met een korte verrijking mogelijk maakt en de detectie richt op actieve cellen.
Wat levert de smeltcurve van Specio op?
Ze maakt het mogelijk amplificatieproducten te onderscheiden op hun smelttemperatuur, die van de sequentie afhangt. Daardoor kan worden geïdentificeerd welk micro-organisme het signaal gaf uit veel mogelijke, zoals de meer dan 80 bederfbacteriën van Specio 00.1 of de meer dan 50 gisten en schimmels van Specio 00.2.
Zijn alle kits van TAAG door AOAC gecertificeerd?
Nee. Volgens de catalogus van TAAG hebben Elevia 1.1 Salmonella spp. (licentie-uitbreiding nr. 072601), Ampliora 3.9 (licentie-uitbreiding nr. 032501) en Specio 4.1 (licentie-uitbreiding nr. 072101) AOAC-certificering. De rest moet worden beoordeeld op basis van de eigen validatiedocumentatie.
Zijn Mila, KAi en TxA kits?
Nee. Mila is het AI-platform dat primers en probes ontwerpt, KAi is de door AI ondersteunde analyse van smeltcurven en TxA is de software die resultaten interpreteert en laboratoriumgegevens beheert. Het zijn lagen die de kits begeleiden, geen kits zelf.