Fait partie du pilier échantillonnage microbiologique du Centre d'Apprentissage TAAG. C'est l'étape qui suit le prélèvement décrit dans le guide des surfaces et dans les plans d'échantillonnage par attributs.
Sommaire
L'échantillon continue d'évoluer après le prélèvement
Entre le moment où un échantillon est prélevé et celui où l'analyste l'ouvre, des heures ou des jours peuvent s'écouler. Pendant cet intervalle, les bactéries peuvent se multiplier si l'échantillon se réchauffe, mourir si l'on congèle un produit qui devait voyager réfrigéré, ou rester exposées à un désinfectant qui n'a pas été neutralisé. Le résultat final décrit l'échantillon tel qu'il est arrivé au laboratoire, pas nécessairement tel qu'il était dans le site de production.
Le Manuel bactériologique analytique (BAM) de la FDA le dit sans détour : si les échantillons sont collectés de façon inadéquate, mal manipulés ou non représentatifs du lot, les résultats du laboratoire n'ont aucun sens. Cet article rassemble ce que disent les principales références sur la façon d'acheminer l'échantillon du point de prélèvement jusqu'à la paillasse de l'analyste.
Contenants et étiquetage
Le BAM recommande d'envoyer, chaque fois que possible, le produit dans son emballage d'origine non ouvert. Lorsque ce n'est pas possible, les portions doivent être transférées de façon aseptique dans des contenants propres, secs, stériles, hermétiques et à large ouverture, en évitant le verre, qui peut se briser. Pour les produits secs, des sacs ou des boîtes stériles conviennent ; les sacs plastiques stériles ne doivent être utilisés qu'avec des matériaux secs et non congelés. Quelques recommandations concrètes :
- Obtenir au moins 100 g par unité d'échantillon.
- Ne pas trop remplir les sacs et éviter que les fils de fermeture ne les perforent.
- Identifier chaque unité avec du ruban étiqueté ; le BAM déconseille d'écrire au marqueur sur le plastique, car l'encre peut le traverser.
- Envoyer comme témoin un contenant stérile vide exposé aux mêmes conditions que le prélèvement.
- Enregistrer la date et l'heure du prélèvement et de l'arrivée au laboratoire de chaque échantillon.
Température selon le type de produit
La règle générale du BAM est de livrer les échantillons au laboratoire le plus tôt possible en maintenant, autant que possible, leurs conditions de stockage d'origine :
- Produits secs ou conserves non périssables : ils peuvent voyager à température ambiante.
- Produits congelés : ils doivent rester complètement congelés à tout moment, dans des contenants préalablement refroidis et des conteneurs isolants rigides.
- Produits réfrigérés : ils sont refroidis sur glace à 0-4 °C et transportés dans une caisse avec un réfrigérant capable de maintenir cette température jusqu'à l'arrivée. Ils ne doivent pas être congelés. Sauf indication contraire, ils ne devraient pas être analysés plus de 36 heures après le prélèvement.
- Mollusques et fruits de mer : ils ont leurs propres conditions. Le BAM indique de les examiner idéalement dans les 6 heures et jamais plus de 24 heures après le prélèvement.
Pour les échantillons liquides, le BAM suggère de prélever une unité supplémentaire comme témoin de température et de la mesurer au moment du prélèvement et à la réception. C'est une façon simple de documenter que la chaîne du froid a été maintenue.
Échantillons de surfaces : le neutralisant et l'horloge
Pour les échantillons prélevés par écouvillon et éponge, un facteur supplémentaire intervient : les résidus de désinfectant. S'ils ne sont pas neutralisés, ils peuvent continuer à inactiver des micro-organismes pendant le transport et donner un faux négatif. L'édition 2004 de l'ISO 18593 signalait déjà qu'il n'existe pas de neutralisant universel et mentionnait quelques options courantes : lécithine et monooléate de sorbitan pour les composés d'ammonium quaternaire, thiosulfate de sodium pour les produits à base d'halogènes, et catalase ou peroxydase pour les désinfectants à base de peroxydes. Il convient de choisir le neutralisant selon le désinfectant utilisé par le site, comme le commente le guide sur la vérification des surfaces après désinfection.
La version en vigueur, ISO 18593:2018, est la référence que le Règlement (CE) 2073/2005 fixe pour l'échantillonnage des zones et équipements de transformation. Elle indique de transporter les échantillons réfrigérés, entre 1 °C et 8 °C, et de les examiner de préférence dans les 24 heures suivant le prélèvement. Pour les carcasses d'animaux, le même règlement renvoie à l'ISO 17604, qui décrit les méthodes d'échantillonnage et les règles de stockage et de transport.
Échantillons d'eau : le chlore résiduel
L'eau chlorée pose le même problème que les surfaces désinfectées : le chlore continue d'agir dans le flacon. L'ISO 19458:2006, la norme d'échantillonnage de l'eau pour analyse microbiologique, indique d'ajouter du thiosulfate de sodium dans les flacons avant de prélever l'échantillon. Selon la norme, 7,1 mg de thiosulfate de sodium pentahydraté sont nécessaires pour inactiver 1 mg de chlore, et la dose habituelle est de 0,1 mL d'une solution à 18 mg/mL pour 100 mL de capacité du flacon. Avec des concentrations de chlore plus élevées, une dose plus importante est nécessaire. La norme précise que le thiosulfate n'affecte pas l'échantillon et peut aussi être utilisé dans des eaux non chlorées. L'interprétation des indicateurs de l'eau est développée dans l'article sur les coliformes, E. coli et entérocoques dans l'eau.
Planifier l'envoi avant d'échantillonner
Une bonne partie des problèmes de transport s'évitent avant de prélever le premier échantillon. Le BAM recommande de prévenir le laboratoire à l'avance lorsque des échantillons périssables sont envoyés, et cette coordination permet de confirmer trois choses : que le laboratoire pourra recevoir et traiter les échantillons dans le délai maximal, quel volume ou poids il lui faut pour chaque analyse et quels critères d'acceptation il appliquera à la réception. Il convient aussi de définir qui est responsable de la caisse pendant le trajet, où la température est enregistrée et comment les échantillons de risques différents sont séparés, par exemple produit fini et échantillons de siphons de sol, afin d'éviter une contamination croisée entre eux.
La réception au laboratoire
Le contrôle ne s'arrête pas à la porte du laboratoire. Le BAM décrit une réception en étapes claires :
- Vérifier l'état de l'emballage : ruptures, perforations, couvercles mal fermés ou sacs percés invalident l'échantillon en raison du risque de contamination croisée.
- Vérifier l'étiquetage et les enregistrements : chaque unité doit arriver identifiée, avec sa documentation et, pour les échantillons officiels, scellée.
- Contrôler le plan d'échantillonnage : que le nombre d'unités prélevées corresponde à l'analyse demandée.
- Stocker si l'analyse n'est pas immédiate : congelés à −20 °C, périssables réfrigérés à 0-4 °C pendant 36 heures au plus, et produits non périssables ou à faible humidité à température ambiante.
- Avertir la personne qui a prélevé l'échantillon lorsqu'il ne respecte pas les conditions, afin d'obtenir un échantillon valide et d'éviter que le problème ne se reproduise.
Décongeler sans altérer l'échantillon
Le BAM préfère ne pas décongeler avant l'analyse. Si nécessaire, il recommande de le faire dans l'emballage d'origine, à 2-5 °C, ce qui prend normalement jusqu'à 18 heures ; pour une décongélation rapide, en dessous de 45 °C pendant 15 minutes au maximum, sous agitation continue dans un bain thermostaté.
L'ISO/IEC 17025 inclut la manutention des objets d'essai parmi ses exigences de processus : le laboratoire doit enregistrer tout écart par rapport aux conditions spécifiées à la réception d'un échantillon et, si le client demande malgré tout de l'analyser, indiquer dans le rapport quels résultats peuvent être affectés. Les critères de réception sont l'une des questions à poser à tout laboratoire, comme le suggère l'article sur l'accréditation ISO/IEC 17025.
Erreurs fréquentes
- Congeler des produits réfrigérés pour « mieux les conserver », ce qui endommage les cellules et peut réduire les dénombrements.
- Envoyer des échantillons un vendredi après-midi à un laboratoire qui ne reçoit pas le week-end.
- Utiliser des écouvillons ou des éponges sans neutralisant adapté au désinfectant du site.
- Prélever de l'eau chlorée dans des flacons sans thiosulfate.
- Ne pas enregistrer l'heure du prélèvement, ce qui empêche de démontrer que le délai maximal avant l'analyse a été respecté.
- Mettre dans la même caisse des échantillons de produit fini et de siphons de sol sans les séparer ni les étiqueter par niveau de risque.
Conclusion
Un échantillon ne représente ce qu'il y avait dans le site que s'il arrive au laboratoire sans changement. Choisir le bon contenant, maintenir la température selon le type de produit, neutraliser désinfectants et chlore, respecter les délais maximaux et documenter chaque étape sont des mesures simples qui déterminent si le résultat sert à prendre des décisions. Une bonne méthode d'analyse ne peut pas corriger un échantillon qui s'est dégradé en chemin.
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Questions fréquentes
Combien de temps peut s'écouler entre le prélèvement d'un échantillon réfrigéré et son analyse ?
Le BAM de la FDA indique que, sauf indication contraire, les échantillons réfrigérés ne devraient pas être analysés plus de 36 heures après le prélèvement, en les maintenant à 0-4 °C. Pour les échantillons de surfaces, l'ISO 18593 recommande de les examiner de préférence dans les 24 heures.
Peut-on congeler un échantillon réfrigéré pour l'envoyer ?
Ce n'est pas recommandé. Le BAM indique expressément de ne pas congeler les produits réfrigérés, car la congélation peut endommager ou inactiver une partie des micro-organismes et altérer le résultat.
À quoi sert le neutralisant dans les écouvillons et les éponges ?
À arrêter l'action des restes de désinfectant recueillis sur la surface. Sans lui, le désinfectant peut continuer d'agir pendant le transport et produire des faux négatifs. Le neutralisant doit être choisi selon le type de désinfectant utilisé.
Pourquoi ajoute-t-on du thiosulfate de sodium aux échantillons d'eau ?
Pour neutraliser le chlore résiduel, qui continuerait d'inactiver des bactéries dans le flacon. L'ISO 19458 indique que le thiosulfate n'affecte pas l'échantillon et peut aussi être utilisé dans des eaux non chlorées.