Fait partie du pilier méthodes de laboratoire, avec la PCR et l'extraction d'acides nucléiques.
Qu'est-ce que le séquençage génomique complet (WGS) ?
Le séquençage génomique complet (WGS, pour « whole genome sequencing ») est une technique qui permet de lire la totalité — ou quasi-totalité — du matériel génétique d'un micro-organisme, au lieu d'amplifier et détecter seulement un fragment spécifique comme le fait la PCR. Appliqué à la sécurité des aliments, le WGS est principalement utilisé pour comparer le génome complet d'une bactérie isolée chez un patient à celui d'échantillons environnementaux ou alimentaires, afin de confirmer s'ils proviennent de la même source.
En quoi diffère-t-il de la PCR ?
La PCR répond à une question ponctuelle : ce pathogène spécifique est-il présent dans cet échantillon ? Le WGS répond à une question différente : cet isolat de Salmonella trouvé chez un patient est-il génétiquement identique à celui trouvé dans un site de transformation situé à des centaines de kilomètres ? C'est pourquoi les deux technologies ne sont pas concurrentes, mais utilisées à des étapes distinctes : la PCR pour la détection rapide de routine, et le WGS pour l'investigation fine d'un foyer une fois qu'une source commune est déjà suspectée.
Pourquoi est-il devenu la norme de surveillance ?
Relie des cas dispersés géographiquement
Avant le WGS, relier des cas de maladie dans différentes villes ou pays dépendait presque exclusivement de coïncidences dans l'historique de consommation des patients, une méthode lente et sujette aux erreurs. Avec le WGS, deux isolats bactériens dont le génome est pratiquement identique peuvent être reliés à une source commune même si les patients n'ont jamais été en contact entre eux ni partagé d'historique de consommation évident.
Accélère la réponse
En confirmant une source commune grâce à des preuves génétiques — plutôt que d'attendre que l'investigation épidémiologique traditionnelle l'établisse —, les autorités sanitaires peuvent ordonner des rappels de produits et des alertes plus tôt, réduisant la fenêtre d'exposition du public.
Réseaux de surveillance génomique
Des programmes comme PulseNet aux États-Unis ou les réseaux de séquençage de l'EFSA et de l'ECDC en Europe maintiennent des bases de données génomiques permettant de comparer un nouvel isolat à des milliers de profils historiques presque en temps réel, ce qui était impensable avec les méthodes de typage plus anciennes.
Limites
Le WGS exige des équipements et une infrastructure bioinformatique plus coûteux que la PCR, et son délai de réponse — bien que beaucoup plus rapide que l'investigation épidémiologique traditionnelle — reste plus long que celui d'une PCR de routine. C'est pourquoi, en pratique, le WGS complète la PCR plutôt qu'il ne la remplace : la PCR reste l'outil de première ligne pour la détection rapide, tandis que le WGS entre en jeu lorsqu'un foyer est déjà suspecté et qu'il faut en confirmer l'ampleur réelle.
Conclusion
Le séquençage génomique complet a transformé la façon dont on détecte les foyers dispersés géographiquement, en permettant de relier des cas qui auraient auparavant semblé être des événements isolés. Il ne remplace pas la PCR comme outil de détection quotidien, mais il est devenu la norme pour confirmer, avec des preuves génétiques, l'ampleur réelle d'un foyer une fois qu'il est déjà suspecté.
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Questions fréquentes
Le WGS remplace-t-il la PCR dans un laboratoire alimentaire ?
Non. La PCR reste l'outil le plus rapide et le plus économique pour la détection de routine. Le WGS est utilisé à une étape ultérieure, pour investiguer des foyers déjà suspectés et confirmer si différents cas partagent une source commune.
N'importe quel laboratoire peut-il réaliser un WGS ?
Il exige des équipements de séquençage et une infrastructure d'analyse bioinformatique spécialisée, c'est pourquoi il se concentre généralement dans des laboratoires de référence nationaux ou internationaux, et non dans chaque site ou laboratoire de routine.
Qu'est-ce que PulseNet ?
C'est un réseau de laboratoires de santé publique, né aux États-Unis et reproduit dans d'autres régions, qui partage des profils génomiques de pathogènes alimentaires pour détecter des foyers qui autrement sembleraient être des cas isolés et sans lien entre eux.