Cet article ouvre le pilier technologie TAAG du Centre d'Apprentissage. Poursuivez avec l'intelligence artificielle en microbiologie.
Le problème que résout Mila
Concevoir une bonne amorce ou sonde pour PCR — la courte séquence qui détermine quelle région génétique va être amplifiée et détectée — est un problème combinatoire : il existe des millions de combinaisons possibles de séquences candidates, et choisir la meilleure exige d'évaluer simultanément la spécificité (qu'elle ne reconnaisse pas de micro-organismes non ciblés), la sensibilité et la compatibilité avec d'autres amorces si l'essai est multiplex. Le faire manuellement est un processus lent, dépendant de l'expérience du concepteur.
Qu'est-ce que Mila ?
Mila est, selon la description de TAAG, la première plateforme au monde à utiliser l'intelligence artificielle pour concevoir et sélectionner automatiquement le meilleur ensemble d'amorces et de sondes parmi des millions de combinaisons possibles. Plutôt qu'un spécialiste évaluant manuellement un nombre limité de candidats, le système évalue de façon exhaustive l'espace des combinaisons et sélectionne celles dont la performance prédite est la meilleure.
Où s'applique-t-elle au sein du catalogue TAAG ?
Mila est une technologie transversale, intégrée aux lignes de kits Ampliora et Elevia de TAAG, ce qui signifie que la conception assistée par IA n'est pas un produit à part, mais le processus qui se trouve derrière le développement des kits PCR eux-mêmes que l'industrie alimentaire utilise pour détecter des pathogènes et des micro-organismes d'altération.
Bénéfices rapportés par rapport à la conception manuelle
Une précision d'essai accrue
En évaluant systématiquement davantage de combinaisons, la plateforme cherche à maximiser la sensibilité et la spécificité de l'amorce/sonde sélectionnée, par rapport à ce que permettrait une sélection manuelle limitée.
Des conceptions multiplex plus robustes
L'un des plus grands défis de la PCR multiplex est d'éviter que les différents jeux d'amorces n'interfèrent entre eux. Un système qui évalue des combinaisons à grande échelle peut identifier des ensembles minimisant cette interférence avec une constance supérieure à celle d'un processus manuel.
Des délais de développement plus courts
TAAG rapporte que, grâce à Mila, le processus allant du concept d'un nouveau kit jusqu'à sa disponibilité peut ne prendre que quelques semaines. (Chiffre rapporté par TAAG ; le délai exact peut varier selon la complexité de l'essai et doit être confirmé au cas par cas.)
Conclusion
La conception d'un essai de PCR fiable dépend d'une décision qui intervient bien avant que l'échantillon n'arrive au laboratoire : quelle séquence exacte va être recherchée. Automatiser cette décision grâce à l'intelligence artificielle, c'est ce que Mila apporte au développement des kits de TAAG.
À propos de TAAG
Découvrez comment Mila fait partie du processus de développement des kits Ampliora et Elevia de TAAG.
Questions fréquentes
Mila remplace-t-elle l'analyste qui valide le kit final ?
Non ; Mila assiste l'étape de conception computationnelle de l'amorce/sonde, mais le kit qui en résulte passe toujours par une validation expérimentale avant son lancement.
Mila sert-elle à concevoir un seul type de kit ?
Elle est intégrée dans plus d'une ligne de produits de TAAG (Ampliora et Elevia), son application ne se limite donc pas à un seul type d'essai.
Quelle différence entre Mila et AiGOR ?
Mila conçoit les amorces/sondes utilisées dans la réaction de PCR ; AiGOR est la technologie de détection fondée sur l'ARN intégrée à la ligne Elevia. Ce sont des couches distinctes et complémentaires d'un même kit.