Identification moléculaire par NGS
16S ou ITS plus un second gène de ménage, séquencés dans notre propre laboratoire et comparés à des bases de données génétiques publiques et curées.
5 jours
Service express
10 jours
Service régulier
15 jours
Moyenne du secteur
Chaque identification est enregistrée dans votre propre base de données historique.
La méthode
Des micro-organismes du même genre peuvent se comporter très différemment. Une identification erronée ou insuffisante peut conduire à des stratégies de maîtrise inadaptées lors des enquêtes sur les altérations.
Bactéries
Améliore la résolution taxonomique lorsque le 16S seul ne permet pas de distinguer suffisamment des espèces proches.
Champignons & levures
Améliore la résolution taxonomique lorsque l’ITS seul ne permet pas de distinguer suffisamment des espèces proches.
MALDI-TOF
NGS chez TAAG
Applications par secteur
Usage le plus courant : l’altération des produits. Nommer l’organisme transforme un défaut en une explication microbiologique vérifiable.
L’USP <1113> établit que les micro-organismes détectés dans les substances, excipients, eaux, environnements de fabrication, intermédiaires et produits finis peuvent nécessiter une caractérisation — y compris l’identification et, le cas échéant, le typage de souche. Ici, identifier n’est souvent pas facultatif.
Contamination de produits, échecs de conservation, résultats inattendus lors du challenge test. L’ISO 17516 fixe des critères de qualité microbiologique ; l’ISO 18415 couvre la détection de micro-organismes spécifiés et non spécifiés.
« Qu’est-ce qui survit à notre traitement ? » L’identification indique quel type d’organisme est maîtrisé — ou survit — avant de décider quoi changer.
Scénarios représentatifs
Cas 01 · Produits laitiers
Le dénombrement révélait des coliformes dans le produit fini et l’usine devait savoir de quoi il s’agissait avant de statuer sur le lot : cela pouvait être une entérobactérie pathogène. Le NGS a identifié Klebsiella pneumoniae — pas le pathogène entérique redouté, mais un opportuniste qui signale une faille d’hygiène. L’espèce confirmée, l’usine a pu orienter son plan d’action vers l’eau de process et les biofilms du circuit de remplissage.
Cas 02 · Vins
Le domaine avait des bouteilles en refermentation et la méthode traditionnelle n’allait pas plus loin que « une levure », sans cause pour étayer une décision. Le NGS a identifié Zygosaccharomyces bailii : résistant au sorbate et au benzoate aux doses usuelles et capable de refermenter à partir d’un inoculum minime. Cela expliquait pourquoi le conservateur ne contenait pas le problème et a permis au domaine de réorienter son plan d’action vers la filtration stérilisante et les points de recontamination au remplissage.
Cas 03 · Brasserie
Les mêmes isolats revenaient sans cesse dans l’eau de rinçage et la brasserie craignait qu’ils ne finissent dans le produit fini. Le NGS les a identifiés comme Pseudomonas fluorescens et Bacillus licheniformis : des micro-organismes typiques de l’eau et des biofilms, incapables de se développer dans la bière conditionnée et hors du groupe B. cereus. La brasserie a ainsi pu concentrer son plan d’action sur la désinfection du réseau d’eau et l’échantillonnage des points où le biofilm réapparaissait.
L’identification ne prouve pas à elle seule la causalité — elle fait passer de « nous avons une contamination » à « nous savons quels micro-organismes sont associés au problème et pouvons étudier leur rôle ».
Ce que nous entendons / ce que nous livrons
« Nous avons trouvé une bactérie, un champignon ou une levure, mais nous ne savons pas laquelle. »
Identification microbienne
« Notre produit s’altère et nous avons trouvé un micro-organisme. »
Identification + enquête sur l’altération
« Nous trouvons encore et toujours une contamination au même endroit. »
Identification des micro-organismes récurrents
« Nous avons des micro-organismes dans l’eau. »
Identification + enquête environnementale
« Le micro-organisme survit à notre désinfectant. »
Identification du micro-organisme
« Notre méthode conventionnelle n’a atteint que le genre. »
Identification moléculaire à plus haute résolution
Tarifs & établissement du devis
Formules express (5 jours) et régulière (10 jours). Les programmes de surveillance récurrents sont chiffrés au volume.
Un isolat pur, ou le produit fini où le problème est apparu.
Bactéries ou champignons/levures, express ou régulier. Si vous envoyez du produit, nous récupérons d’abord le micro-organisme.
16S ou ITS plus un second gène de ménage, comparés à des bases de données génétiques publiques et curées.
En anglais ou en espagnol, et le micro-organisme entre dans votre base de données historique.
FAQ
Bactéries, levures et moisissures.
Au niveau de l’espèce dès que les marqueurs le permettent — c’est précisément pourquoi nous ajoutons un second gène de ménage.
Un isolat pur ou le produit fini où le problème est apparu, ainsi que le contexte : d’où il vient et ce que vous investiguez.
L’identification est le point d’entrée ; les enquêtes sur l’altération et l’environnement se construisent ensuite avec notre équipe services de laboratoire.
Des organismes du même genre peuvent se comporter très différemment ; une identification insuffisante peut conduire à des stratégies de maîtrise inadaptées.
Cinq jours en express et dix en régulier, contre une moyenne du secteur de quinze.
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