Identificazione molecolare con NGS
16S o ITS più un secondo gene housekeeping, sequenziati nel nostro laboratorio e confrontati con banche dati genetiche pubbliche e curate.
5 giorni
Servizio express
10 giorni
Servizio regolare
15 giorni
Media di settore
Ogni identificazione viene registrata nel vostro database storico.
Il metodo
Microrganismi dello stesso genere possono comportarsi in modo molto diverso. Un’identificazione errata o insufficiente può portare a strategie di controllo inadeguate nelle indagini di deterioramento.
Batteri
Migliora la risoluzione tassonomica quando il 16S da solo non consente di discriminare adeguatamente specie strettamente correlate.
Funghi & lieviti
Migliora la risoluzione tassonomica quando l’ITS da solo non consente di discriminare adeguatamente specie strettamente correlate.
MALDI-TOF
NGS in TAAG
Applicazioni per settore
Uso più comune: il deterioramento del prodotto. Dare un nome all’organismo trasforma un difetto in una spiegazione microbiologica verificabile.
La USP <1113> stabilisce che i microrganismi rilevati in sostanze, eccipienti, acqua, ambiente di produzione, intermedi e prodotti finiti possono richiedere una caratterizzazione — inclusa l’identificazione e, ove applicabile, la tipizzazione del ceppo. Qui identificare spesso non è opzionale.
Contaminazione del prodotto, fallimenti della conservazione, risultati inattesi nel challenge test. La ISO 17516 fissa criteri di qualità microbiologica; la ISO 18415 copre la rilevazione di microrganismi specificati e non specificati.
«Che cosa sopravvive al nostro trattamento?» L’identificazione indica quale tipo di organismo viene controllato — o sopravvive — prima di decidere cosa cambiare.
Scenari rappresentativi
Caso 01 · Lattiero-caseario
La conta mostrava coliformi nel prodotto finito e lo stabilimento doveva sapere di cosa si trattasse prima di decidere sul lotto: poteva essere un enterobatterio patogeno. L’NGS ha identificato Klebsiella pneumoniae — non il patogeno enterico temuto, ma un opportunista che segnala una falla igienica. Confermata la specie, lo stabilimento ha potuto indirizzare il proprio piano d’azione su acqua di processo e biofilm del circuito di riempimento.
Caso 02 · Vini
La cantina aveva bottiglie in rifermentazione e il metodo tradizionale non andava oltre «un lievito», senza una causa su cui decidere. L’NGS ha identificato Zygosaccharomyces bailii: resistente a sorbato e benzoato alle dosi abituali e capace di rifermentare da un inoculo minimo. Questo ha spiegato perché il conservante non conteneva il problema e ha permesso alla cantina di riorientare il proprio piano d’azione verso la filtrazione sterilizzante e i punti di ricontaminazione in riempimento.
Caso 03 · Birrificio
Nelle acque di risciacquo ricomparivano sempre gli stessi isolati e il birrificio temeva che finissero nel prodotto finito. L’NGS li ha identificati come Pseudomonas fluorescens e Bacillus licheniformis: microrganismi tipici di acqua e biofilm, non in grado di svilupparsi nella birra confezionata e fuori dal gruppo B. cereus. Il birrificio ha così potuto concentrare il proprio piano d’azione sulla sanificazione del circuito idrico e sul campionamento dei punti in cui il biofilm riaffiorava.
L’identificazione da sola non dimostra la causalità — permette di passare da «abbiamo una contaminazione» a «sappiamo quali microrganismi sono associati al problema e possiamo indagarne il ruolo».
Ciò che sentiamo / ciò che offriamo
«Abbiamo trovato un batterio, un fungo o un lievito, ma non sappiamo quale.»
Identificazione microbica
«Il nostro prodotto si sta deteriorando e abbiamo trovato un microrganismo.»
Identificazione + indagine sul deterioramento
«Continuiamo a trovare contaminazione nello stesso punto.»
Identificazione di microrganismi ricorrenti
«Abbiamo microrganismi nell’acqua.»
Identificazione + indagine ambientale
«Il microrganismo sopravvive al nostro disinfettante.»
Identificazione del microrganismo
«Il nostro metodo convenzionale è arrivato solo al genere.»
Identificazione molecolare a risoluzione più elevata
Prezzi & come preventivare
Livelli express (5 giorni) e regolare (10 giorni). I programmi di monitoraggio ricorrente sono quotati a volume.
Un isolato puro, oppure il prodotto finito in cui è comparso il problema.
Batteri o funghi/lieviti, express o regolare. Se inviate prodotto, recuperiamo prima il microrganismo.
16S o ITS più un secondo gene housekeeping, confrontati con banche dati genetiche pubbliche e curate.
In inglese o spagnolo, e il microrganismo entra nel vostro database storico.
FAQ
Batteri, lieviti e muffe.
Livello di specie ogni volta che i marcatori lo consentono — è proprio per questo che aggiungiamo un secondo gene housekeeping.
Un isolato puro o il prodotto finito in cui è comparso il problema, più il contesto: da dove proviene e cosa state indagando.
L’identificazione è il punto di ingresso; le indagini su deterioramento e ambiente si costruiscono su di essa con il nostro team servizi di laboratorio.
Organismi dello stesso genere possono comportarsi in modo molto diverso; un’identificazione insufficiente può portare a strategie di controllo inadeguate.
Cinque giorni in express e dieci in regolare, contro una media di settore di quindici.
Parlate con uno specialista
Una call di 30 minuti basta per definire ambito, livello di servizio e che cosa deve dire il vostro report.
